Please use this identifier to cite or link to this item:
https://olympias.lib.uoi.gr/jspui/handle/123456789/39943Full metadata record
| DC Field | Value | Language |
|---|---|---|
| dc.contributor.author | Ρέτσας, Ιπποκράτης | el |
| dc.contributor.author | Retsas, Ippokratis | en |
| dc.date.accessioned | 2026-04-01T11:02:55Z | - |
| dc.date.available | 2026-04-01T11:02:55Z | - |
| dc.identifier.uri | https://olympias.lib.uoi.gr/jspui/handle/123456789/39943 | - |
| dc.rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 United States | * |
| dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/us/ | * |
| dc.subject | Πανδημία | el |
| dc.subject | Γεννετική ανάλυση | el |
| dc.subject | Κορονοιός | el |
| dc.subject | Sars CoV-2 | en |
| dc.subject | NGS | en |
| dc.subject | PCR | en |
| dc.title | Ανίχνευση στελεχών του ιού SARS-CoV-2 με μοριακές μεθόδους | el |
| dc.title | Detection and Identification of SARS-CoV-2 Strains Using Molecular Methods | en |
| dc.type | masterThesis | en |
| heal.type | masterThesis | - |
| heal.type.en | Master thesis | en |
| heal.type.el | Μεταπτυχιακή εργασία | el |
| heal.classification | Ιατρική Μικροβιολογία | - |
| heal.dateAvailable | 2026-04-01T11:03:56Z | - |
| heal.language | el | - |
| heal.access | free | - |
| heal.recordProvider | Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων. Σχολή Επιστημών Υγείας, Τμήμα Ιατρικής | el |
| heal.publicationDate | 2026-03 | - |
| heal.abstract | Η παρούσα μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία εκπονήθηκε με σκοπό τη συστηματική ανασκόπηση των μοριακών διαγνωστικών τεχνικών που εφαρμόστηκαν κατά τη διάρκεια της πανδημίας της νόσου COVID-19, η οποία προκλήθηκε από τον ιό SARS-CoV-2. Η μελέτη εστιάζει στην ανάλυση της δομής, του γονιδιώματος και της παθογένειας του ιού, με έμφαση στις κρίσιμες μεταλλάξεις της πρωτεΐνης ακίδας (Spike, S) που οδήγησαν στην εμφάνιση των Variants of Concern (VOCs) (όπως Alpha, Delta και Omicron). Η μεθοδολογία βασίστηκε σε εκτενή βιβλιογραφική ανασκόπηση των επιστημονικών δεδομένων και των κλινικών πρωτοκόλλων. Αναλύθηκαν κριτικά οι κυριότερες διαγνωστικές πλατφόρμες, συμπεριλαμβανομένης της PCR αντίστροφης μεταγραφής σε πραγματικό χρόνο (RT-PCR), η οποία αναδείχθηκε ως η μέθοδος αναφοράς λόγω της υψηλής της ευαισθησίας και ειδικότητας. Παράλληλα, εξετάστηκαν εξελιγμένες μοριακές τεχνικές όπως η ψηφιακή PCR (ddPCR), η οποία προσφέρει απόλυτη ποσοτικοποίηση και ανίχνευση χαμηλών ιικών φορτίων, η ισοθερμική ενίσχυση (RT-LAMP), για ταχεία διάγνωση σε σταθερή θερμοκρασία, και οι καινοτόμες μέθοδοι βασισμένες στο σύστημα CRISPR. Η εργασία υπογραμμίζει την καθοριστική συμβολή της Αλληλούχισης Επόμενης Γενιάς (NGS) στην πλήρη γονιδιωματική ανάλυση, την ταυτοποίηση νέων παραλλαγών και την επιδημιολογική επιτήρηση σε μεγάλη κλίμακα, παρά τον υψηλότερο χρόνο και κόστος της. Συμπερασματικά, η διαχείριση της πανδημίας βασίστηκε σε μια πολυδιάστατη διαγνωστική στρατηγική. Η ενσωμάτωση της RT-PCR με τις προηγμένες μοριακές τεχνικές (όπως NGS και ddPCR) είναι κρίσιμη για την κατανόηση της εξελικτικής δυναμικής του ιού και τη διασφάλιση της δημόσιας υγείας έναντι μελλοντικών αναδυόμενων παθογόνων. | el |
| heal.abstract | This postgraduate thesis provides a systematic review of the molecular diagnostic techniques implemented during the COVID-19 pandemic caused by the SARS-CoV-2 virus. The study examines the structural components, genomic organization, and pathogenicity of the virus, focusing on critical mutations in the Spike (S) protein that led to the emergence of Variants of Concern (VOCs), such as Alpha, Delta, and Omicron. Through an extensive literature review of scientific data and clinical protocols, the research critically evaluates primary diagnostic platforms and the necessity of specialized sampling depending on the stage of infection. The analysis identifies real-time RT-PCR as the diagnostic gold standard due to its high sensitivity and specificity. However, the study demonstrates that for samples with low viral loads or the need for absolute quantification, droplet digital PCR (ddPCR) provides superior precision. Furthermore, rapid point-of-care solutions, such as RT-LAMP and CRISPR-based assays like DETECTR and SHERLOCK, are evaluated as cost effective and time-efficient alternatives that support early detection and disease management. A significant finding of this work is the indispensable role of Next-Generation Sequencing (NGS) in full genomic characterization. NGS platforms, including Illumina and Oxford Nanopore, achieved a 91% success rate in characterizing samples with low viral concentrations (Ct ≥ 32), where traditional methods often prove insufficient. This technology is highlighted as the only method capable of timely and complete identification of new variants, guiding public health responses and the adaptation of diagnostic targets. Ultimately, the management of the pandemic relied on a multi-dimensional strategy where the integration of RT-qPCR with advanced molecular techniques like NGS and ddPCR proved crucial. Such an integrated diagnostic approach is essential for understanding viral evolutionary dynamics, identifying emerging mutations, and ensuring global public health preparedness against future emerging pathogens. | en |
| heal.tableOfContents | ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΑ Εισαγωγή ........................................................................................................................ 9 1. Πανδημία COVID-19 .......................................................................................................................9 2. Ιός MERS ......................................................................................................................................... 10 3. Ιοί SARS ........................................................................................................... 11 3.1. SARS-CoV .......................................................................................................... 11 3.2. SARS-CoV-2 ...................................................................................................... 13 3.2.1. Επιδημιολογία, Μετάδοση του ιού και Κλινική σημειολογία της COVID-19 ...... 13 3.2.2. Περιγραφή της δομής και του γονιδιώματος του SARS-CoV-2 ....................... 18 4. Μεταλλάξεις SARS CoV-2 ................................................................................... 25 1. Μετάλλαξη Alpha ....................................................................................... 26 2. Μετάλλαξη Beta ........................................................................................ 27 3. Μετάλλαξη Gamma ................................................................................... 27 4. Μετάλλαξη Delta ........................................................................................ 28 5. Μετάλλαξη Omicron ................................................................................... 29 5. Μοριακές μέθοδοι ανίχνευσης του ιού SARS-CoV-2 και των μεταλλάξεων ........ 31 5.1. Συλλογή Δειγμάτων για την ανίχνευση του ιού SARS-CoV-2 ............................. 31 5.2. Μοριακές μέθοδοι ανίχνευσης ....................................................................... 34 5.2.1. PCR Πραγματικού Χρόνου, real time RT-PCR ............................................. 34 5.2.1.1. Σφάλματα της μεθόδου RT-PCR .............................................................. 44 5.2.2. Ψηφιακή PCR -Digital PCR (dPCR) ............................................................. 46 5.2.3. CRISPR-Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats ........... 48 5.2.4. LAMP-Loop mediated isothermal amplification ............................................ 52 5.2.5. Mέθοδος ARMS (Amplification Refractory Mutation System-Σύστημα Ενίσχυσης Ανθεκτικό στις Μεταλλάξεις) ................................................... 58 5.2.6. Αλληλούχιση επόμενης γενιάς - Next Generation Sequencing (NGS) .............. 62 5.2.6.1. Αλληλούχιση NGS μέσω σύνθεσης .......................................................... 70 5.2.6.2. Αλληλούχιση με Nanopores .................................................................... 72 6. Συζήτηση – Συμπεράσματα ................................................................................ 76 7. Περίληψη ............................................................................................................ 80 8. Abstract ............................................................................................................... 81 9. Βιβλιογραφία ....................................................................................................... 82 10.Ιστότοποι ....…………………………………………………………………………….97 11.Κατάλογος Πινάκων / Εικόνων ........................................................................... 98 12.Χρήσιμες Συντομογραφίες ................................................................................ 101 | el |
| heal.advisorName | Γκαρτζονίκα, Κωνσταντίνα | el |
| heal.committeeMemberName | Γκαρτζονίκα, Κωνσταντίνα | el |
| heal.committeeMemberName | Βρυώνη, Γεωργία | el |
| heal.committeeMemberName | Μποζίδης, Πέτρος | el |
| heal.academicPublisher | Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων. Σχολή Επιστημών Υγείας. Τμήμα Ιατρικής | el |
| heal.academicPublisherID | uoi | - |
| heal.numberOfPages | 102 | - |
| heal.fullTextAvailability | true | - |
| Appears in Collections: | Διατριβές Μεταπτυχιακής Έρευνας (Masters) - ΙΑΤ | |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| Μ.Ε. ΡΕΤΣΑΣ ΙΠΠΟΚΡΑΤΗΣ 2026.pdf | 2.8 MB | Adobe PDF | View/Open |
This item is licensed under a Creative Commons License
